Japonya, Büyük Felaket'ten sonra çökmüştür. Kiruko, Maru adlı bir çocuğu Cennet denen bir yere götürme ricasını kabul eder. Bu sırada çocuklar, yeşilliklerle çevrili bir kreşte yaşamaktadır. Gizemli bir mesaj alan Tokio, etrafındaki dünyadan şüphe etmeye başlar.

Maru ve Kiruko garip bir handa derin bir uykuya dalarlar. Ayın zayıf ışığı altında canavarca bir şeye uyanırlar. Tokio, kreşte, etrafındaki dünyadan daha fazla şüphelenmeye başlar. Bu sırada Shiro beklenmedik bir mesaj alır.

Robin, Haruki ve yarışçı kız kardeşi Kiriko, beş yıl önce Asakusa'da bir yetimhanede yaşıyorlardı. Dev bir kalabalık, bir elektro-kart yarışı izlemek için toplandığında, dehşet verici bir şey, yarışı bozmaya çalışır ve Haruki korkunç bir durumla karşı karşıya kalır.

Tokio, bazı tuhaf görünümlü bebekleri görmeye götürülür ve çevresi hakkında ne kadar az şey bildiğini fark eder. Maru ve Kiruko kaçış olmayan bir teknede korkunç bir saldırıya uğrar. Her şey başarısız olurken, yeni bir strateji geliştirmek Kiruko'ya kalmıştır.

Maru ve Kiruko, Tokyo'ya döndüklerinde çadırlarla dolu bir mahalle bulurlar. Maru bir oyun merkezine gittiğinde, Kiruko yalnız başına bilgi toplamak durumunda kalır ve korkunç bir söylenti duyar. Kreşteyse Tarao'nun durumu kötüleşir ve Dr. Sawatari açıklanamayan bir ayak izi bulur.

Maru ve Kiruko, Ölümsüz Düzen'in peşine düşmüştür. Yolda Totori adlı bir kızın işlettiği bir otelde kalırlar. Çantalarını bırakıp güvenli içme suyu aradıkları sırada ağır yaralı bir adama rastlarlar. Bu sırada Tokio'nun karşısına beklenmedik biri çıkar.

Maru ve Kiruko, doktor ve Ölümsüz Düzen olduğunu sandıkları şeyi bulur. Onun yerine, Ölümsüz Düzen'in yöntemlerine şiddetle karşı çıkan düşmanca bir organizasyon bulmuşlardır. Kiruko ve Maru bir iş teklifini kabul eder ancak Kiruko'nun sabrı taşmaya başlar.

Maru ve Kiruko, insan-yiyenleri öldürdükten sonra nihayet Dr. Usami'yle tanışır. Dr. Usami onlardan zor bir şey ister ve ikisini de onları korkunç bir sahnenin beklediği bir odaya götürür.

Maru ve Kiruko, Dr. Usami'nin Kiru-Işını'nda buldukları logoyla aynı desene sahip bir düğmesi olduğunu keşfederler ve onun izini sürmeye karar verirler. Yolda gizemli bir muhbirle karşılaşırlar. Bu sırada anaokulunda acil bir toplantı yapılır.

Maru ve Kiruko, Takahara Akademisinin Ibaraki tesisine gitmeye karar verirler. Yol üzerinde olduğu için, Juichi'ye bebeğinin hâlâ hayatta olup olmadığını öğrenebilmesi için yardım etmeyi kabul ederler. Duvarlı Kasaba'ya vardıklarında durum beklenenden çok farklı çıkar.

Maru ve Kiruko, Juichi'nin arabasıyla Ibaraki tesisine giderler. Bu sırada akademiye yeni bir 5. sınıf öğrenci grubu katılır. Mimihime, Ohma adlı çocuğun yalnız göründüğünü fark eder ve onunla arkadaş olmaya çalışır ama Ohma'nın diğerlerinden uzak durmak için özel nedenleri vardır.

Maru ve Kiruko zengin bir pazar yerine gelir. Burası söylentiye göre Yeniden İnşa Bakanlığının yönettiği bir kasabadır. Bu sırada akademi bir anda saldırıya uğrar. Çocuklar saklanmaya çalışırken duvarda bir delik bulur.

Mimihime, Shiro, Anzu ve Taka, öğretmenlerinin sınavının cevabını ararken duvardaki bir delikten dışarı çıkarlar. Bu sırada Kiruko, Robin'in yaptığı korkunç şeyden sonra gözyaşları içindedir.