Haksız yere suçlandığını düşündüğü abisini hapishaneden kurtarmak isteyen Michael Scofield, nerdeyse kusursuz bir plan yapar. Lincoln Burrows'a yüklenen suç, kendilerini temize çıkarabilecekleri bir suç değildir. Devletin de işin içine karıştığını öğrendiklerinde kaçmaktan başka çareleri kalmaz. Michael planını uygulamaya sokar ve kaçış başlar.
Michael Scofield internet vasıtasıyla bir bankayı soyar ve polislerin gelerek kendisini almasını bekler. Savunma avukatı Veronica Donovan’ın bütün çabalarına karşın Michael soygunla ilgili herhangi bir açıklama yapmaz. Yargıç, Michael’ı Wallens Ridge Eyalet Hapishanesi’ne gönderecektir. Michael’ın bütün amacı masum olduğu halde tuzağa düşürülerek idama mahkûm edilen abisinin cezaevinden firar etmesine yardımcı olmaktır.
Hapishanede ırkçı gerilim içten içe kaynamaktayken, Veronica, Lincoln’un davasını araştırmaya devam etmektedir. Bu arada Sara, Michael’ı diabet testine çağırır. Michael, C-Note’dan kan şekerini kontrol etmesini sağlayacak hapları tedarik etmesini ister. Testin pozitif sonuç vermesini sağlayarak kaçış planı için açık bir kapı bırakmayı düşünmektedir
Michael, Abruzzi ve Sucre’yi kaçış planına dahil etme konusunda sorunlar yaşamaktadır. Leticia’nın ifadesine başvuran Veronica daha sonra kadını kaybedecektir. Lincoln ise aile üyelerinin idamında olup olmayacakları konusunda düşüncelidir.
Kendini elektrikli sandalyeye doğru yürürken gördüğü kabusundan ter içinde uyanan Lincoln, idamına bir aydan az bir süre kaldığını fark eder. Michael kaçışı için kullanabileceği bazı aşındırıcı kimyasallar edinmiştir. Veronica ise araştırmasında bir hayli yol kat eder. Bu sırada Michael’a dövmesinin anlamını soran Haywire’ın içinde genç adamın soruyu geçiştirmesi üzerine rahatsızlık veren bir merak uyanır.
Kellerman ve Hale, Michael’ın transfer edilmesini sağlamaya çalışmaktadır. Pope’un kendisine transfer edileceğini söylemesi üzerine bir an için afallayan Michael, hızlı düşünerek Lincoln’un kardeşi olduğunu itiraf eder ve en azından idama kadar beklemelerini ister. Michael planının ilk kısmını devreye soktuğunda Lincoln, tam artık umut etmekten vazgeçmişken kendisini tekrar heveslendirdiği için kardeşini azarlar. Bu arada Veronica ve Nick, Lincoln’u aklayacak bir video kaseti üzerinde çalışmaktadır.
Michael'ın biraz daha fazla zaman kazanmak amacıyla yaptığı hücre bloğunu kapama eylemi, beklemediği bir şekilde büyür ve bütün hapishaneyi içine alan tam teşekküllü bir ayaklanmaya dönüşür. Nick, Veronica'yı kendisine gerçekten yardımcı olmak istediği konusunda ikna etmeye çalışmaktadır. Diğer yandan Kellerman, Lincoln'u öldürmesi için mahkûmlardan birine para öder.
Hapishanedeki ayaklanma sırasında Michael, Sara'yı zorlukla Stroker'ın elinden kurtarır. Bu sırada Bellick, Pope'a valiyle konuşması için meydan okumaktadır. Veronica ve Nick ise köstebeğin açtığı telefonu takip etmek için Washington D.C.'ye uçar.
Michael, içinde gardiyanların mola odasının bulunduğu bir binaya tünel kazmanın yollarını düşünmektedir. Kellerman ve Hale, Veronica ve LJ'i öldürmeye kalkışır. Diğer tarafta T-Bag, Bob'un cinayetinden sorumlu olmadığını iddia etmektedir. Ancak bir sorumlu bulunmalıdır.
T-Bag kölelerinden biri Cherry'i kaybeder ve hemen ardından bir başkasına, yeni hedefi olan Tweener'a yönelir. Kellerman ve Hale geçen bölümde kaçmayı başaran LJ'i takip etmeyi sürdürür. Bu sırada LJ yardım istemek için Veronica'ya ulaşmaya çalışmaktadır. Abruzzi'nin, gangsterlerin taleplerine karşılık vermekteki yetersizliği bütün kaçış planını risk etmektedir.
Çalışma takımının kontrolünü yeniden ele geçirebilmek ve kaçış şanslarını arttırabilmek için Abruzzi, Michael’ı, Falzone’a Fibonacci’yi nerede bulabileceğini söylemesi konusunda ikna eder. Diğer taraftan Nick ve Veronica, Steadman’in parasının nereye kaybolduğunu merak ederken; başkan yardımcısı, Kellerman ve Hale’in yerine geçmesi için FBI’dan eski bir arkadaşını getirir.
Quinn; Nick, Veronica ve LJ’yi tehdit eder. Michael, gruplarının kaçışını tamamlamak için ne kadar zamana ihtiyaçları olduğunu gösteren bir makina yapar. Ve en sonunda Westmoreland de kaçış takımına katılmayı kabul eder.
Lincoln’ün plan gereği birisinin geride kalması gerektiği konusunda Michael’ı uyarması üzerine, topluluk içindeki gerginlik artacaktır. Michael ise revire ulaşma planında büyük bir ilerleme kaydeder. Diğer taraftan Abruzzi, T-Bag’i gruptan ayrılmazsa öldürmekle tehdit eder.
Lincoln’ün idam tarihi yaklaştığı için, Michael kaçış planını artık uygulamaya karar verir. Kellerman, Hale’i teselli etmektedir. Diğer taraftan Veronica basın aracılığıyla Lincoln’ün suçsuzluğunu ispatlayacak bir takım delilleri gözler önüne sermektedir.
Lincoln’un idamını engelleyebilmek için elektrikli sandalyeyi bozmaya çalışan Michael başarısız olur. Veronica ve Nick ise Terence Steadman’in cesedinin yeniden incelenmesi için mezarın açılması emrini çıkarttırmaya çalışmaktadır, ancak Lincoln için zaman azalmaktadır.
İdam sırasında babasını gördüğünü zanneden Lincoln, Terence Steadman’ın mezarının açılıp cesedin yeniden incelenmesi talebinin hakim tarafından onaylanması ile iki haftalık bir süre daha kazanır. Bu arada Michael da hapishanenin revirine çıkan yeni bir yol üzerinde çalışmaktadır.
Dizinin bu bölümünde, geçmişe uzanılıyor; Michael, Lincoln, Sucre, C-Note, ve T-Bag’in Fox River Hapishanesi’ne nasıl geldiklerine göz atılıyor ve Sara’nın orada çalışmaya başladığı ilk günlere dönülüyor.
Hücre hapsiyle cezalandırılan Michael orada tek başına umutsuzluğa kapılır. Gardiyanların odasındaki kaçış deliği ile ilgilenme görevi Sucre’a kalmıştır. Bu arada LJ nihayet Kellerman’ı bulur.
Michael psikiyatri koğuşundayken, dövmesindeki eksik kısmı hatırlaması için Haywire’la görüşür. Bu arada diğerleri de, Bellick’in Michael ve Sucre’ın boşalmış olan hücrelerini açık arttırmaya çıkarmasını engellemeye çalışmaktadır.
Michael revirin anahtarını ele geçirmek zorundadır, bunun için de eski bir tanıdığın yardımı gerekmektedir. Öte yandan Lincoln kendisini kaçıranın kimliğini nihayet öğrenir. Bu arada mahkûmlardan biri daha kaçış planından haberdar olunca işler iyice karışır.
Westmoreland, Michael’ın kaçış planını hızlandırmasını istemektedir. Planın ortaya çıkması an meselesidir. Öte yandan Michael, Sara’yı da plana karıştırıp karıştırmamak konusunda kararsız kalmıştır. Tweener’ın güvenilirliği ve sadakati test edilecektir. Bu arada Veronica kendisi ile işbirliği yapan kişinin Fox River hapishanesi mahkûmlarından biriyle bağlantısı olduğunu öğrenir.
Beklenen gece gelip çatmıştır. Yüksekteki teli kullanarak kaçmak için herkes artık hazırdır. Öte yandan Veronica ve Nick’in endişeleri vardır. Bu arada Ajan Kellerman, görüşme öncesi sakinleşmesi için başkan yardımcısı Reynolds’a yardım edecektir.
Kaçış süreci ilerledikçe tehlikeler de onları beklemektedir. Gardiyan Pope ve Bellick kaçanları yakalamak için arama başlatır. Bu arada Michael ve diğer mahkûmlar uçağa yetişmek zorundadır ve peşlerinde de polisler vardır. Veronica, Lincoln’un masumiyetini kanıtlayabilecek çok önemli bir delil ele geçirir. Bu arada Reynolds da otoritesini kaybetmekten korkmaktadır.
Firardan 8 saat sonra Michael, Lincoln, Sucre, C-Note ve Abruzzi Oswego'ya doğru yoldayken FBI Özel Ajanı Alexander Mahone firarileri arama grubunun başına getirilmiştir. T-Bag kopan eli için gereken yardımı bulur.
Ajan Mahone yakalanan L.J.'i hedef göstererek tuzak kurma planları yaparken Michael ve Lincoln başka kaçış planları peşindedirler. Abruzzi, C-Note, ve Sucre tek başlarına kaçmaya çalışırken, Tweener bunun için gereken arabayı bulmuştur bile. Diğer yandan Bellick ve Pope firardan dolayı soruşturma geçirirler.
Michael ve Lincoln, için Nika yardıma gider. Sucre Maricruz' u ararken, C-Note takip edilmesine rağmen ailesine kavuşur. Sara, kaçışa yardım ettiği düşünüldüğünden tutuklanır.Bellick ve Geary, kaçakların üzerine konan ödülün peşine düşerler.
Bellick ve Geary; Michael, Lincoln ve Nika' yı yakalarlar. Abruzzi Fibonacci'den intikamını almakta kararlıdır ama Mahone'un gözü Abruzzi'nin üstündedir. Kellerman Sara'ya yaklaşarak takibe alır. Diğer yandan, T-Bag bir yabancıdan yardım alır. Sekiz suçludan biri ele geçirilir.
Mahone, D.B. Cooper'ın saklı hazinesi ile ilgilenirken Michael ve Lincoln Westmoreland'ın sakladığı paraları gömdüğü Utah'daki Double K ranch çiftliğini bulabilmek için diğerleri ile yarışırlar. Sucre Las Vegas' da olacak olan Maricruz'un düğününü engellemekte kararlıdır.
Michael, Lincoln, T-Bag ve Tweener Westmoreland'in parasını ararlar, bu sırada da Ajan Mahone onlara iyice yaklaşmıştır. Haywire, Winconsin'de ortaya çıkar. Vali Tancredi ise Beyaz Saray'da Kellerman'ı görür.
Lincoln, oğlu LJ'i Arizona'da aramak için Michael'dan ayrılır. Michael, C-Note, Sucre ve T-Bag; Westmoreland'in parasının yerini bulmuşlardır. Sara ve babası, "Şirket" tarafından hedef olarak seçilirler. Mahone, Tweener ile anlaşma yapmaya çalışır.
Kaçaklar tekrar ayrılırlar. Mahone ise Abruzzi ve Tweener'ın ölümüyle ilgili sorguya çekilir. Lincoln, LJ'i bulmak için Arizona'ya gider. Sara "Şirket"in saldırısına uğrar. Bellick ve Geary takibe devam ederler.
Kardeşler buluşmaya giderlerken diğer kaçaklar da sevdikleriyle buluşmaya çalışırlar. Michael ise Mahone hakkında bazı keşifler yapar. Sara, Michael'ın şifreli mesajını çözer. Ancak aynı mesajı Kellerman ve Mahone da çözmüştür.
Michael ve Sara New Mexico'da buluştukları sırada Mahone çıkagelir. Lincoln ve LJ polisten kurtulurken, Sucre, Nebraska'dan Maricruz'a telefonla ulaşmaya çalışaktadır. Bellick ve Geary ise T-Bag'e işkence etmektedirler.
Michael'ın, kaçış uçağını sağlama alabilmesi için coyote çetesini punduna getirmesi gereklidir bu esnada Lincoln ile LJ' tekrar ayrılırlar. T-Bag kaçmayı başarır ve Geary'yi bulur. Mahone'nun Bolshoi Booze'un anlamını çözdüğü sırada, Kellerman, Sara'ya işkence yapmaktadır.
Mahone, Micheal'ın kaçacağı uçağı araştırken Michael babasıyla bir araya gelir. Sara, Kellerman'ın elinden kurtulur. Kellerman, bu yüzden Ajan Kim'in gazabına uğrar. C-Note risk alarak halkın arasına karışır. Bellick kendini Roy Geary cinayetinin içinde bulur.
T-Bag, Susan'ın kaldığı yeri aramaya devam eder. Michael ve Lincoln, sınırda tutuklandıktan sonra ulusal güvenlik birimlerince Fox River'a geri yollanmak üzere nezarete alınırken, Bellick de aynı yere bu defa bir mahkûm olarak döner. Sucre kaçış uçağından paraşütle atlamak zorunda kalır. Kellerman bir plan tasarlamaktadır.
Michael, Lincoln ve Kellerman, Terrence Steadman'ı bulmak için Montana'ya gider. Bellick'in başı diğer Fox River mahkûmlarıyla belaya girer. C-Note yolculuğuna kızıyla birlikte tek başına devam eder ve T-Bag, Hollander ailesinin evine baskın yapar.
Michael, Lincoln ve Kellerman; Sara'ya televizyon yayını vasıtasıyla mesaj yollamak için bir kameramanı kaçırırlar. Bellick revire gönderilir. Haywire, iki gence bira satın alır. Bu esnada Sucre Meksika'da bir araba çalar.
Michael ve Sara, Lincoln ve Kellerman ile Chicago'ya doğru gittikleri trenin içinde sıcak anlar yaşarlar. T-Bag ziyaretçilerden ötürü Hollander ailesini taşınmaya zorlar. Bir kaçak daha alaşağı edilir.
Henry Pope tekrar ortaya çıkar ve kendisinin "Şirket" tarafından kurulan komployu çürükmekte önemli bir rol üstleneceği düşünülür. C-Note kızının sağlından endişe etmeye başlar. Sucre azıcık belaya bulaşır. T-Bag çocukluğunun geçtiği evi ziyaret eder. Mahone bir kaçağı daha köşeye sıkıştırır.
Michael, Lincoln ve Sara en sonunda komployu ifşa edecek kanıtı ele geçirir. Mahone, kaçaklardan birini, Lincoln ve Michael'ı ortaya çıkarması için zorlar. T-Bag bir psikiyatristi ziyaret eder. Bellick Meksika'ya gider. Kellerman'ın namlusunun ucunda Birleşik Devletler başkanı vardır.
Micheal Birleşik Devletler başkanının gizli sırlarını ortaya çıkaran ses kaydını yayımlatmaya kararlıdır. Bu esnada Mahone Sara'yı bulur. Bellick ce Sucre, T-Bag'i yakalamak için iş birliği yaparlar.
Michael ve Lincoln, Chicago'dan bir yük gemisine binerek Panama'ya doğru yola çıkarlar ama Sara maalesef bu gemiye binemez. C-Note, Mahone'un aleyhinde tanıklık etmek üzere FBI ile anlaşma yapar. Bellick ve Sucre, Meksika'da T-Bag'i enselemek ve 5 Milyon doları ele geçirmek için isteksizce partner olurlar
Michael, Bellick ve Sucre; her biri farklı amaçlı üç kişi, T-Bag'i yakalamak için seferber olurlar. Bu esnada Lincoln ve Mahone hesaplaşırlar. Sara Chicago'da duruşmaya çıkarken Kellerman kendi kaderini belirler.
Michael Lincoln'ü Mahone'un elinden kurtaracak hamlenin peşindedir. Sucre Maricruz'u bulup kurtarma telaşı içindedir. Bellick ve T-Bag arasında yüzleşme gerçekleşir
Michael is once again imprisoned, but now in SONA (Panama), together with T-Bag, Mahone and Bellick. The prison is solely ruled by inmates, whose local prison-lord Lechero feels threatened by Scofield's 'fame'. Lincoln tries legal means to get Michael transferred, and gets a call from a relative. Both receive the same message, through different channels, from The Company.
Michael and Mahone try to lure Whistler out of his hiding place. T-Bag gains some upward momentum in the prison hierarchy as the water supply is running low. Lincoln meets familiar and not so familiar faces on his quest to free Michael.
Whistler tells the truth to Michael. Michael tries to get in touch with Sara but the only phone is in Lechero's quarters, so he has to rely on T-Bag's help. Mahone battles his addiction. Bellick steps on some toes.
After taking delivery of a package from The Company, Lincoln realizes that they are deadly serious. Michael's new break out plan relies on electricity. Haywire is back from the dead, haunting disoriented Mahone. Bellick and T-Bag get special attention from Lechero.
A new inmate named Tyge is brought to Sona. After he seemingly recognizes Whistler, Michael's doubts arise. T-Bag enters a new area of commerce.Lincoln goes to the seaside with Sofia. Sucre takes over the side-business of his predecessor.
Michael threatens to cancel the escape plan unless he sees a proof that Sara is still alive. Whistler is accused of murdering an inmate and it is up to Michael to prove his innocence and save his life. Lincoln and Sofia help in monitoring the morning guards. Mahone may have another way to get out of Sona.
Everything goes wrong for Michael as he tries to create a diversion.
Lincoln tries to outsmart Susan who has his son. Sucre offers his assistance to Lincoln.
Susan jeopardizes Michael's life as she puts her own escape plan into motion. Whistler's past catches up to his girlfriend.The Company goes after Lincoln and Sucre. Justice prevails for Mahone. And Lechero sheds light into an empty tunnel.
The Panamanian Army arranges Michael to get a taste of solitary. T-Bag reserves a spot in the escape. Bellick's life turns into an uphill battle. Susan traps Sucre.
Lechero's demotion devastates Michael's breakout plan as Sammy takes reigns at Sona. T-Bag forces Bellick to fight in a fight where the odds are stacked heavily against him. Lincoln and Sucre have some surprise fireworks set for Susan.
Michael and Lincoln are left with no choice but to hand Whistler over in exchange to save LJ and Sofia. A familiar face enters Sona while another inmate leaves.
Michael has trailed Gretchen/Susan, Whistler and Mahone to L.A. Chaos reigns in SONA while T-Bag, Bellick and Sucre go missing. Lincoln and L.J. continue to stay with Sofia.
"Breaking & Entering" is the 59th episode of the American television series Prison Break and was shown together with the first episode of its fourth season as a two-hour episode with "Scylla". It was broadcast on September 1, 2008 in the United States on the Fox Network.
Michael attempts to track the cardholder and avoid going back to prison. Wyatt finds new information regarding Sara's whereabouts. Elsewhere, T-Bag uses a new identity to make a new life for himself.
Michael, Lincoln and Sucre must crash a police benefit to obtain the next card key. Reeling from another death, Sara falls back into an old habit. T-Bag arouses suspicion and runs into some old “friends” his first day on the job.
Self locates another card hidden in a safe within a secure federal building, as Mahone continues his quest for revenge. Meanwhile, T-Bag's new life may be in jeopardy.
The entire operation may be in jeopardy when Mahone gets into trouble with the law. Gretchen's sister receives a surprise visitor. The Company may be onto Self. T-Bag continues to raise suspicions at Gate.
Lincoln takes members of the team to Las Vegas where Sucre gets an indecent proposal. Sara learns about Michael’s condition, and Roland pushes his luck too far. Gretchen teams up with T-Bag who makes an offer to Michael he cannot refuse. Meanwhile, the secrets in Whistler’s bird book are finally revealed.
Lincoln works to retrieve the final card, which is being held by the General. Michael and Self are forced to work with Gretchen. Meanwhile, Roland continues to be berated for losing the transcribing device in Las Vegas.
Wyatt gets a taste of his own medicine, and Mahone finds some resolution. T-Bag scrambles when the police investigate his missing co-worker while Gretchen gets cozy with a Company man. Meanwhile, Michael’s condition continues to worsen, and a team member makes the ultimate sacrifice while planning the underground break-in for Scylla.
Sara is left with no choice but to take Michael to the hospital as his condtion rapidly worsens. Sucre and Lincoln are faced with unknown territory as they are left in charge of the operation. Elsewhere, agent Self makes a surprising ally.
Michael races against time and his ailing health to break into the Company headquarters to steal Scylla, but the break-in’s success lies with Sucre. Gretchen dresses up for a meeting with the General and one final attempt to get the last card key. T-Bag must make a decision to leave his criminal ways for good.
Despite his headaches, Scofield successfully breaks in. The General rushes a security team down, and thus provides the last missing element: his sixth card! He's still confident to bribe the team or just keep them locked in, but Sara provides leverage: Lisa, his daughter. Bagwell and Gretchen are found out and shoot their way out. Scylla is delivered to Self, who promises the boys their freedom in half an hour, but doesn't deliver, and... worse.
It's up to Michael to hold the gang together after they find out they were betrayed by one of their own. Meanwhile, Gretchen is blackmailed by T-Bag's new partner.
Michael, whose condition is deteriorating, winds up in the hands of The Company who promise Lincoln that they can save Michael's life in exchange for a favor. Elsewhere, Gretchen and Self wind up with Scylla and a buyer.
Michael gets medical attention from the most unlikely of places, and Charles Westmoreland returns to help uncover the true meaning of Scylla. Meanwhile, Lincoln and Sucre race to stop Gretchen before Scylla is lost forever.
Lincoln and his new partners arrive in Miami to recover Scylla from its shocking new owner, and Sara searches for a missing Michael who learns some surprising information about his past. Meanwhile, a double-crossing leads to a death and an arrest in "The Sunshine State."
Michael and Sara journey to Miami while Lincoln meets with his mother. T-Bag and Self's mission to locate Scylla takes a dramatic turn. The General comes under pressure.
Michael and Lincoln come to blows over Scylla as Christina sets the wheels in motion for her plan. Meanwhile, Sara receives life-changing news. T-Bag arrives at the Indian Embassy. The General becomes increasingly paranoid.
Michael warns Linc that scientist Vincent Sandinsky is somehow in league with their mother Christina. The general takes torturous charge, and traitor Vincent, Company expert. Michael and Sara fail to reason with captive Christina, who says Lincoln is adopted. Bagwell wants Company tenure, his 'exam' being an execution. Christina escapes. Everyone heads for the Miami global energy technology congress. Malone smells a set-up.
Pandemonium erupts at the hotel following the assassination, and Christina puts the final pieces of her plan together. Meanwhile, the General makes good on his threat, and Michael is forced to choose between saving either Lincoln or Sara.
Seven years have passed, with everyone having moved on with their lives. Michael is discovered to still be alive after his apparent death and has ended up in a Yemeni prison. Lincoln gets a visit from a familiar face and learns the news about Michael and his whereabouts.
As Lincoln and C-Note search for the "Sheik of Light," Michael and his cellmate, Whip, attempt an escape from Ogygia. Meanwhile, Sara's investigation into Michael's reappearance leads her to the state department and an uneasy reunion with Paul Kellerman.
When T-Bag ambushes Sara, he warns her that two of Poseidon's henchmen, Van Gogh and A&W, may be following her. Meanwhile, Lincoln attempts to retrieve his confiscated passport to escape Yemen, and Michael plans his next move.
Michael, Whip and Ja make their last attempt to break from Ogygia, but must make a deal with the devil to do so. Lincoln races against the clock to help with the escape, as T-Bag meets with Kellerman to gather more info on Michael's resurrection.
Lincoln becomes frustrated as he tries to understand what really happened to Michael. C-Note has a new escape plan, but fears it will not be executed quickly enough, as Cyclops is trailing closely behind. Meanwhile, Sara struggles with the idea that Michael may be alive.
As Michael, Lincoln and the remaining Ogygia gang try to escape Yemen, they find themselves racing though the desert from a vengeful Cyclops. Meanwhile, A&W and Van Gogh question their roles as their pursuit of the escapees leads them to...Graceland.
Sara becomes fearful of her family's safety when she discovers the real reason that Michael faked his own death. In the meantime, Michael and Lincoln continue to try find a way home with the help of Sucre, and the real identity of Poseidon is revealed.
When Sara and her son's safety is threatened, Michael and Lincoln recruit the help of Sheba and C-Note to try and catch Poseidon. Meanwhile, Whip goes on a separate mission and T-Bag reveals a secret.
Dangerous threats keep Michael and Lincoln fighting to protect Sara and Mike. Meanwhile, Poseidon continues to try and outsmart Michael and the rest of the gang, which leads them to the ultimate showdown, and not everyone makes it out alive.
