Bir vampir rahibi ve yardakçılarını ortadan kaldırma görevi sırasında Alucard, yaralı bir polis kadınla karşılaşınca zor bir karar vermek zorunda kalır. Daha sonra Alucard, Vatikan'dan gizemli bir savaşçıyla karşılaşır.

İki cesur vampir kardeş, Hellsing yerleşkesine şiddetli bir baskın düzenler. Katliam büyüktür, ancak Alucard ve ekibi savaşın gidişatını değiştirirken önemli bir bilgi elde etmeyi başarır.

Hellsing örgütü, karargâha yapılan yıkıcı bir saldırının ardından paralı asker alımına başvurur ve Integra'nın düşmanlarının kökenlerine ilişkin şüpheleri doğrulanır.

Hellsing ve Kraliçe arasındaki önemli bir toplantı, yaklaşan savaş haberiyle yarıda kesilir. Bu arada Alucard, bir uçak gemisinin kaçırılmasından sorumlu olan sapkınlarla başa çıkmak için gönderilir.

Alucard bir uçak gemisinde mahsur kalırken, Londra korkunç bir vampir saldırısına uğrar. Başka bir yerde, Integra bir Nazi vampir sürüsünden kıl payı kurtulur.

Vatikan'ın müthiş muharebe birliği savaşa hazırlık için harekete geçti. Londra'nın kalbinde, Hellsing Malikanesi saldırıya uğrar ve Yaban Kazları ölümsüzlere karşı son savunma hattını temsil eder.

Hafızası ihlal edildiğinde Seras, onu hayatının en korkunç anlarını yeniden yaşamaya zorlayan bir illüzyonun içine hapsolur. Kabustan uyandığında, savaş sona yaklaşırken gerçek acı başlar.

Hellsing Ultimate'ın üzücü finali, Alucard'ın destansı dönüşünü ve Integra'nın gerçek gücünü düşmanlarının üzerine salma isteğini içeriyor!

Alucard, baba Anderson ile yüzleşir. Bu arada Binbaşı planının son parçalarını da harekete geçirmeye başlar.

Ve şimdi bir son. Londra harabeye dönmüş, Enrico'nun haçlı seferi başarısız olmuş, kaptan Bernadotte ve Alexander Anderson düşmüş ve Walter Millenium'a sığınmıştır. Alucard Walter'la düello ederken, Seras ve Integra zeplin Deus Ec Machina'da savaşır ve Millenium'un kalan son askerleriyle yüzleşir. Ancak orada Millenium'un liderleri de beklemektedir: Binbaşı ve gizemli Yüzbaşı, Walter'ın yüzleşmekten korktuğu ve gerçek doğasını ortaya çıkarmak üzere olan adam...