Zamanda geriye giderek önemli bir olayın hemen öncesine gidebilmesi kaza geçirmesine neden olan Satoru kendini hastanede bulur ve 18 yıl önce öldürülmüş bir kızı anımsar.

Satoru, geçmişe yolculuk yaparak gittiği 1988'de Kayo ile tekrar buluşur ve kaçırma olayının hiç yaşanmamasını sağlayarak annesinin ölümünü engellemeye çalışır.

18 yıl önce yaptığı hatanın aynısı yapan Satoru, Kayo'nun güvenini kaybeder. Ancak tekrar buluşmalarının ardından Yuki'nin masum olduğundan bir kez daha emin olur.

Kayo'yu bilinmeyen günden korumaya çabalayan Satoru, zaman akışında bir değişiklik olmadığını fark etmeye başlar ve geleceği değiştirmeye ant içer.

Kayo ortadan kaybolur. Bir başka öğrenci daha kaybolunca Satoru panikler. Geleceğin henüz değişmediğini öğrenmenin hüsranını yaşayan Satoru'yu acımasız bir kader bekler.

Satoru annesinin eski bir iş arkadaşını ziyaret eder ve gerçek suçlunun şüpheliler listesinde yer aldığına ikna olur. Airi suçlunun adını söyler.

Polis, Airi ile tekrar bir araya gelmesinin ardından Satoru'yu yakalar. Satoru, annesinin cinayet mahallinde bulunan bir adamı görünce yeni bir uyanış tetiklenir.

Terk edilmiş bir otobüste bir yabancı belirir. Ancak adam Kayo'yu görmeden gider. Satoru şüphelinin profiliyle eşleşen suç aletleri bulur.

Satoru'nun Kayo'nun annesiyle yüzleşmesinin ardından şiddet uygulama konusu kapanır. Satoru olanları tekrar gözden geçirirken gerçek suçlu gözlerini bir öğrenciye diker.

Satoru, Kayo'yu kurtarmasının ardından ikinci kurbanla iletişime geçer ve onu gizli yerlerine davet eder. Satoru, Misato'yu takip ederken gerçek suçlu ortaya çıkar.

Satoru, hâlâ komada olduğu şimdiki zamana geri döner. Arka planda Yashiro'nun ürpertici monoloğu duyulmaktadır. Herkes Satoru'nun geri dönüşünü bekler.

Satoru 15 yıl sonra hafıza kaybıyla uyanır. Rehabilitasyondayken Yashiro onu ziyaret eder. Birlikte son bir hesaplaşma için çatıya çıkarlar.